植物资源
五花顶自然保护区维管束植物分布种类有103科392属831种,其中国家Ⅱ级重点保护野生植物3种,分别是紫椴、黄檗和野大豆。
动物资源:五花顶自然保护区属于华北、东北动物区系交错带,兼有部分蒙新动物区系成分,区内分布有脊椎动物28目75科245种,其中哺乳类6目13科31种,爬行动物3目7科15种,两栖动物2目6科7种,鱼类3目5科35种;鸟类14目44科157种,其中国家I级保护野生动物有黑鹳1种,国家II级保护野生动物有26种,区内分布有辽宁省重点保护鸟类90种,兽类12种。是隼形目和鸮形目等猛禽的重要栖息繁殖地,也是东北亚候鸟南北迁徙重要通道。
其他资源
保护区是黑水河、六股河、狗河、石河、大风口水库和龙屯水库的重要水源涵养区,又是葫芦岛市西部的天然屏障,此区森林植被保护直接影响两个水库的蓄水和安全,是东戴河、绥中县、葫芦岛市乃至整个山海关区域人民生活用水和生态安全的重要保障。